矿山环境管理的职能是拟定矿山环境管理办法；组织编制和实施矿山环境保护规划并对执行情况进行监督检查、组织协调矿山环境恢复治理工作；组织审批矿业项目的环境影响评价报告书。
根据国家环境保护总局主管全国环境保护工作、国家相关部门分管相关环境的原则，国土资源部分管矿山环境保护工作。因为国土资源部掌握有关矿业活动的专门知识，在分析了解由矿业活动导致的各类环境问题时具有其他部门无可比拟的优势，为其管理矿山环境奠定了知识基础。国土资源部将矿山环境管理的若干环节纳入矿业管理程序或使两者协调起来有助于提高整体的行政管理效率，实际上是由分散管理转向相对集中的管理，作为矿业主管部门在这种集中化管理中无疑将发挥全导作用。在许多国家矿业主管部门比环境管理部门历史悠久、机构健全有较强的管理力量，因此借助于矿业主管部门的力量解决部分或大部分矿业环境问题也是顺理成章的。
矿业主管部门在以下一些方面发挥着重要作用：
(1))参与或直接制定与矿山环境有关的政策法规。如在美国这种非部门立法的体制下，矿业主管部门也可以对矿山环境有关的立法提出建议和意见，井且在国会最后通过的立法大都是以矿业全管部门长期以来对矿山环境问题的调查研究所得出的认识为基础的。
(2)依法行政，实施监督管理及强制执行的权限大都是矿业主管部门行使的。虽说有的国家法律规定矿业与环境主管部门负责矿山环境的监督管理，但只有矿业主管部门有条件经常性地深入矿山，实施日常性的监督管理，而其他主管部门只能是偶然性地，不定期地抽查、检查向已，或者说只有在出现重大问题时才出而加以干涉。
(3)协调作用。澳大利亚的新南威尔士州矿业主管部门本身对矿山环境问题并无具体的权限，但他们通过“集中规划”(项目申请期)及“采矿、恢复与环境管理计划”（项目经营期)，将所有有关部门协调组织起来共同加强对矿山环境的综合治理。
(4)参与大型矿业项目的坏境影响评价报告的审批(有时负责预审大型矿业项目的环境影响评价)，并全面负责一般矿业项目及小型矿业项目的环境影响评价报告的审批，然后将有关要求纳入采矿计划，并作为颁发采矿许可证的先决条件。
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